L’aventure des Cahiers de L’Herne, qui débute au début des années 1960, va profondément marquer le rapport de la critique aux œuvres. Sous forme d’un puzzle où s’assemblent des documents inédits, des souvenirs, des éléments iconographiques, des suggestions d’interprétation, les Cahiers invitent à la découverte d’un grand auteur, souvent controversé, dans une approche libre, sans béquilles théoriques, sans point de vue partisan. En effet, la construction d’un numéro des Cahiers obéit à la seule logique d’une recherche qui tente de dynamiter les idées reçues et d’aller vers le cœur de l’œuvre.

De 1957 à 1971

À partir de 1957, Dominique de Roux et Georges Bez éditent des textes et des pamphlets qui étaient écrits, dactylographiés et lus par un groupe d’amis (dont Xavier de Roux, le frère de Dominique, Jean Thibaudeau et Bernard Collin) sous le titre L’Herne. En 1961 paraît un premier volume consacré à René-Guy Cadou, puis, l’année suivante, à Georges Bernanos, de ce qui deviendra la collection des «Cahiers de l’Herne ». Les numéros suivants de la collection furent consacrés à des grands noms de la littérature et de la poésie, également marginaux ou controversés à l’époque : Louis-Ferdinand Céline (1963), Jorge Luis Borges (1964), Ezra Pound (1965), Henri Michaux (1966), William Burroughs (1968), Giuseppe Ungaretti (1969), Witold Gombrowicz, Louis Massignon, et quelques autres.

De 1972 à 2000

En 1972, après avoir mis en chantier le numéro 21, consacré à De Gaulle, Dominique de Roux quitte L’Herne pour fonder les « Dossiers H », aux éditions l’Âge d’Homme à Lausanne. C’est alors son associé, Constantin Tacou, cinéaste macédo-roumain à l’Unesco et élève de Georges Dumézil, qui prend le relais. L’Herne se tourne alors vers l’Est avec une série d’auteurs tels que Thomas Mann (1973), Fiodor Dostoïevski (1974), Karl Kraus (1975), Gustav Meyrink (1976), Robert Musil (1982), Carl Gustav Jung (1984), Friedrich Hölderlin (1989), ou Friedrich Nietzsche (2000). L’Herne ouvre aussi ses portes au fantastique – Edgar Allan Poe (1974), Jules Verne (1974) ou Jean Ray (1980) – sans pour autant négliger les contemporains, en commençant par Mircea Eliade (1977), puis Raymond Abellio (1980), Henry Corbin (1981), Francis Ponge (1986) et Emmanuel Levinas (1991). Fin 2000, Constantin Tacou sort son dernier Cahier, le numéro 74, consacré à August Strindberg (2000). Son dernier projet d’éditeur, un Cahier Cioran, paraît en 2009.

Après 2000

À partir de 2000, Laurence Tacou, journaliste, succède à son père à la direction de la maison d’édition qui déménage de la rue de Verneuil pour s’installer au pied de l’Institut, au 22 rue Mazarine. Désormais, L’Herne consacre plus particulièrement ses Cahiers à des philosophes et écrivains contemporains. Les grandes monographies critiques continuent à prendre le contre-pied des courants en vogue. Avec les Cahiers, l’accent est mis sur des contemporains, et en particulier sur des philosophes, penseurs critiques et romanciers tels que : Mario Vargas Llosa (2003), George Steiner (2003), Paul Ricoeur (2004), Claude Lévi-Strauss (2004), Jacques Derrida (2004), Marguerite Duras (2005), Carlos Fuentes (2006), Noam Chomsky (2007), Cioran (2009), Michel Déon, (2009), Yves Bonnefoy (2010), Charles Maurras (2011), Colette (2011), Patrick Modiano, Roger Nimier, Isaac Bashevis Singer (2012).

Simone de Beauvoir et Georges Simenon inaugurent l’année 2013. Depuis 1963, plus de quatre mille collaborateurs, écrivains, universitaires et traducteurs du monde entier ont contribué aux Cahiers, créant ainsi, loin des sentiers battus, une institution sans doute unique en son genre. En 2003, l’homme d’affaires Alain Duménil entre au capital de L’Herne. Il est également le mécène d’un prix littéraire, le prix Duménil, qui, chaque année, consacre un auteur de  langue française. Alain Duménil est par ailleurs l’auteur de plusieurs romans. Une nouvelle collection, les « Carnets de L’Herne », ouvre depuis 2005 une petite porte éclectique à de grands textes contemporains ou classiques, souvent méconnus, rares, ou inédits à ce jour. L’Herne consacre également une collection, « Essais », aux textes de grands penseurs modernes et contemporains. Gardant le cap sur la ligne éditoriale qui fait sa réputation, L’Herne choisit des textes éclectiques par leurs sujets, allant bien souvent à contre-courant de la norme et des idées reçues. En 2012 paraît la collection dernière-née des éditions, « Cave Canem ». Cave Canem propose une tribune aux dissidents et contestataires de tous pays qui s’élèvent, parfois au péril de leur vie, contre la tyrannie des États, des marchés et des idées reçues. Le premier numéro de cette petite collection dénonce, sous la plume du célèbre champion d’échec Garry Kasparov, les exactions du régime russe menées par Vladimir Poutine. Ont suivi depuis un livre de Noam Chomsky sur le mouvement Occupy, et la publication du compte-rendu du Tribunal Russell sur la Palestine, intitulé Justice pour la Palestine !